أما الجناح الشرقي الذي ينتهي بثلاث حنيات نصف دائرية، فإن الهيكل يقوم في الحنية الوسطى ويتألف بدوره من ثلاثة أبهاء كانت تفصل بينها أقواس تستند على أعمدة وعددها في الجناح الشرقي تسعة، بينما هي في الأجنحة الأخرى سبعة أعمدة فقط . والبعد بين كل عامودين 5.3 م. لذا كان هذا الجناح الشرقي حيث تقام الصلوات أيام الآحاد والأعياد أطول من الأجنحة الأخرى. وقد قام كرنكر كما ذكرنا بالكشف عن أرضية كامل الجناح في 1938 بالإضافة إلى أرضية المثمن سطرين مكتوبين بأحجار الفسيفساء البيض والسود فأماط اللثام عن وجود زخارف مرمرية والكتابتين باليونانية والسريانية الدالتين على ترميم تم في القرن العاشر. كما قام تشالنكو بتغطية الكتابتين تمهيداً لنقلهما إلى أحد المتاحف، إلا أنهما لازالتا في مكانهما وسط البهو الأوسط مغطاتين بالبيتون الاسمنتي. وتمتد الكتابة على كامل عرض البهو الأوسط في الأرضية المرمرية القديمة وهي عبارة عن سطرين مكتوبين بأحجار الفسيفساء البيض والسود وبأحرف ارتفاعها 12 سم مع كتابة سريانية كذلك وتملأ الكتابة سطرين وفراغاً بطول 7.84 م وارتفاع 31 سم وقد خربت بعض مقاطع من الكتابة بالكامل.
أما النص السرياني فيذكر: \” بني جدار هذا الدير وبابه وزينته أيام تيودوروس …. الأب سنة 1290 \” (بحسب التقويم السلوقي ويوافق 979 م). ويقول النص اليوناني: \” أسس هذا الدير وجدد مع كنيسته من قبل تيودوروس تحت البطاركة…..وبازيليوس وقسطنطينوس القيصر الأب سنة 979 للميلاد \”. أي أن الكتابة اليونانية تذكر بناء جديداً وتجديداً للكنيسة بينما يذكر النص السرياني بناء جدار ربما كان جدار التحصين الأخير وباب واجهة الكنيسة الجنوبية، وكلاهما تم في 979 م أي قبل فترة من تدمير الدير الذي جرى في 985 م على يد سعد الدولة بن سيف الدولة الحمداني.